Историята на този проект започва през 2013 г., когато Муниб Али и Райън Ши създават Blockstack. Мисията на компанията е да разреши основните проблеми, които затрудняват съвременните онлайн и мобилни приложения. Муниб и Райън представиха идеята си пред акселератора YCombinator през лятото на 2014 г. и също така приключиха кръг на начално финансиране с Union Square Ventures (USV), Навал Равикант, SV Angel и други. В резултат на тези ранни инвестиции и усилия в блокчейн технологията, първоначалната версия на Blockstack беше пусната през 2017 г., допълнена с dApps експлорър (Blockstack Browser) и система за разпределено съхранение. В резултат на това до края на 2017 г. фирмата придоби и още два кръга финансиране, включително Серия А, водена от USV, с участието на Lux Capital, Digital Currency Group и други, както и предлагане на токени.
С осигурената нова кръг на финансиране Blockstack пусна тестова мрежа за своя блокчейн (наречен Stacks) през второто тримесечие на 2018 г., последвано от официалното пускане на основната мрежа Stack v1 през октомври същата година. Токени бяха предоставени и на първите инвеститори, участвали в кръга за закупуване на токени като част от това пускане.
Екипът демонстрира и предварителна версия на софтуера си App Mining, който включваше 38 регистрирани приложения. App Mining е техника на Blockstack, която стимулира проектите и разработчиците да изграждат върху мрежата Stacks, като възнаграждава месечно активните потребители с STX. През първата си година броят на участващите приложения, базирани на Blockstack, нарасна до приблизително 300. След като получи повече от 500 регистрирани проекта, App Mining сега е в пауза.
Тъй като Blockstack е протокол от втори слой, той не съхранява информация директно в блокчейна на Bitcoin, което позволява ясна граница между интерактивността на мрежата и приложенията на Blockstack. От друга страна, това означава, че Blockstack разчита на пълна оперативна архитектура, отделена от блокчейна на Bitcoin, и именно тези компоненти позволяват на Blockstack да изпълнява своите dApps. Въпреки това, настоящата оперативна структура на Blockstack се промени драстично, когато версия 2 беше пусната през 2021 г.