Історія цього проєкту розпочалася у 2013 році, коли Муніб Алі та Раян Шей заснували компанію Blockstack. Місією цієї компанії було вирішення фундаментальних проблем, що стоять на заваді розвитку сучасних веб- та мобільних додатків. Муніб і Раян презентували свою ідею акселератору YCombinator влітку 2014 року, а також завершили раунд початкового фінансування за участю Union Square Ventures (USV), Навала Равіканта, SV Angel та інших. В результаті цих ранніх інвестицій та зусиль у сфері технології блокчейн у 2017 році була випущена перша версія Blockstack, що містила браузер для dApps (Blockstack Browser) та розподілену систему зберігання даних. У результаті до кінця 2017 року компанія також залучила ще два раунди фінансування, включаючи серію A на чолі з USV за участю Lux Capital, Digital Currency Group та інших, а також провела токен-продаж.
Отримавши нове фінансування, Blockstack випустив тестову мережу (testnet) для свого блокчейну (названого Stacks) у другому кварталі 2018 року, а в жовтні того ж року відбувся офіційний запуск основної мережі Stack v1. У рамках цього релізу токени також були передані першим інвесторам, які брали участь у раунді купівлі токенів.
Команда також продемонструвала попередню версію свого програмного забезпечення App Mining, яке включало 38 зареєстрованих додатків. App Mining — це технологія Blockstack, яка стимулює проекти та розробників до створення додатків у мережі Stacks, винагороджуючи щомісячних активних користувачів токенами STX. За перший рік кількість додатків на базі Blockstack, що брали участь у програмі, зросла приблизно до 300. Після отримання понад 500 зареєстрованих проєктів App Mining наразі призупинено.
Оскільки Blockstack є протоколом другого рівня, він не зберігає інформацію безпосередньо в блокчейні Bitcoin, що забезпечує чітку межу між інтерактивністю мережі та додатками на Blockstack. З іншого боку, це означає, що Blockstack залежить від повноцінної операційної архітектури, відокремленої від блокчейну Bitcoin, і саме ці компоненти дозволяють Blockstack виконувати свої dApps. Однак нинішня операційна структура Blockstack кардинально змінилася після випуску версії 2 у 2021 році.