Istorija ovog projekta počela je 2013. godine, kada su Muneeb Ali i Ryan Shea osnovali Blockstack. Misija ove kompanije bila je da reši fundamentalne probleme koji muče današnje online i mobilne aplikacije. Muneeb i Ryan predstavili su svoju ideju akceleratoru YCombinator leta 2014. godine, i takođe su završili rundu seed prikupljanja sredstava sa Union Square Ventures (USV), Naval Ravikantom, SV Angel-om i drugima. Kao rezultat ovih ranih investicija i napora u blockchain tehnologiji, inicijalna verzija Blockstack-a objavljena je 2017. godine, kompletna sa dApps eksplorerom (Blockstack Browser) i distribuiranim sistemom za skladištenje. Kao rezultat toga, do kraja 2017. godine, firma je takođe stekla dve daljnje runde finansiranja, uključujući Series A predvođenu USV-om, sa učešćem Lux Capital-a, Digital Currency Group-a i других, kao i ponudu tokena.
Sa obezbeđenom svežom rundom finansiranja, Blockstack je objavio testnet za svoj blockchain (nazvan Stacks) u Q2 2018. godine, praćen zvaničnim lansiranjem mainnet Stack v1 u oktobru iste godine. Tokeni su takođe dostavljeni prvim investitorima koji su učestvovali u rundi kupovine tokena kao deo ovog objavljivanja.
Tim je takođe demonstrirao preliminarnu verziju svog App Mining softvera, koji je uključivao 38 registrovanih aplikacija. App Mining je Blockstack tehnika koja podstiče projekte i programere da grade na Stacks mreži nagrađivanjem mesečno aktivnih korisnika sa STX. U prvoj godini, broj Blockstack-zasnovanih aplikacija koje su učestvovale porasla je na oko 300. Nakon dobijanja više od 500 registrovanih projekata, App mining je trenutno pauziran.
Budući da je Blockstack protokol drugog sloja, ne čuva informacije direktno unutar Bitcoin blockchaina, omogućavajući čistu granicu između interaktivnosti mreže i aplikacija na Blockstack-u. S druge strane, ovo implicira da je Blockstack zavisan od pune operativne arhitekture odvojene od Bitcoin blockchaina, i ove komponente su ono što Blockstack-u omogućava izvršavanje njegovih dApp-ova. Međutim, sadašnja Blockstack operativna struktura se dramatično promenila kada je verzija 2 objavljena 2021. godine.